Yn Tokio erkend as Shinto Teito yn it jier 2020, 19-jierrige Minato Sahashi is heul yntelligint, doch fanwegen syn ûnfermogen om ûnder druk te behanneljen hat de yngongstest fan 'e kolleezje twa kear mislearre.
Minato moetet in famke mei de namme Musubi, dat eins ien dei yn 'e himel falt. Minato leart al gau dat se in "Sekirei" is dy't him as har "Ashikabi" pakte, ûnder de kryptyske groep yndividuen dy't de erflike karakteristyk hawwe dy't in deal kin meitsje - troch te tútsjen - mei de Sekirei. Hjirmei kinne se har totale macht brûke yn konflikten mei ferwidering mei oare Sekirei en bindet de Sekirei oan him. Bestie út 108 skattige famkes, heulende froulju en bish? Nen, de Sekirei-striid yn in wedstryd neamd it "Sekirei-plan" foarme troch Hiroto Minaka, de foarsitter en oprjochter fan 'e mysterieuze en machtige MBI Corporation.
Minato leart al gau dat de echtgenoat fan in frou wêze net alle wille en spultsjes is, yn it bysûnder as hy wurdt keazen troch ferskate oare Sekirei dy't elk boppedat in deal mei him foarmje, as har Ashikabi. No moat Minato in metoade ûntdekke om de libbensgefaarlike konflikten fan it Sekirei-plan te oerlibjen en de heule konkurrinsje fan syn maten foar him.
Sekirei binne super-oandreaune wêzens dy't in oare koade brûke lykas de fan in persoan. It Sekirei-romteskip stoart op ierde yn 1999 op Kamikura Island, en waard ûntdutsen troch twa learlingen, Hiroto Minaka (potensjele MBI-foarsitter) en Takami Sahashi (potensjele MBI-haadûndersiker en Minato's mem). Oan board hie it pear 108 libbensfoarmen ûntdutsen, útlein as "Ien pylder en 107 poppefûgels".
