Gearfetting
De ferhaalline folget Medaka Kurokami, in magnetysk en oansprekkend earstejierrige Hakoniwa Akademy-learling dy't mei 98% fan 'e stimmen presidint fan studinteraad is keazen. Se sprekt dizze petysjes oan op har ferkearde manier, en mei alle help mei har jeugdmaat Zenkichi Hitoyoshi, ynstelle in suggestjefak. Yn 'e rin fan it ferhaal wurde de liedingsplakken fan studinteraad troch har ferspraat oan oare learlingen lykas Mogana Kikaijima en Kouki Akune.
De studinteraad leart dat de akademyfoarsitter betsjuttet in baan te initiearjen om krêftich te eksperimintearjen op routine learlingen, it Flask Plan, Normals neamd, sadat jo se kinne feroarje yn Abnormalen, dat binne minsken mei boppeminsklike foegen. De Studinteraad konflikt mei oare learlingen dy't belutsen binne by it brûken fan 'e baan en infiltreert yn it geheime laboratoarium fan' e skoalle.
Koart dêrop útdaget Misogi Kumagawa dy't de Studenteried wol ferfange troch ien fan syn eigen Medaka-útdagings foar in kampioenskip de Studenteried. Fan syn foegen binne twa learlingen ûntsegele nei de nederlaach fan Kumagawa en foltôgje har ferfier nei Hakoniwa Academy. De 2 tendearje sterker te wêzen as Abnormalen en wurde neamd "Net gelyk". Harren lieder, Anshin'in, driget it Flaskplan opnij te starten as Medaka grads is, en driuwt har opfolgers om te wurde traind troch de Studenteried. De krekte strategy fan Anshin'in soe lykwols wêze om de status te hawwen as presidint fan studinteraad fan Zenkichi Medaka usurpearje. Zenkichi slagget en docht dat op 'e pretinsje it studintelibben te ferbetterjen. Hy oertsjûget Medaka it Flaskplan te tastean foar dy minsken dy't net wolle.
Oernommen fan har ferantwurdlikheden as presidint fan 'e Studinteraad, wurdt Medaka koart belutsen by in kampioenskip om har man te bepalen. Medaka wurdt de winner, en kiest Zenkichi te trouwen neidat se beide harsels gradearje en harsels ynfiere. Koart dêrnei ferlit de tichte freon Hansode Shiranui fan Zenkichi de skoalle. Zenkichi en medaka fine dat se einlings in oare host wurdt foar Iihiko Shishime, in 5000-jierrich wêzen. Hy wurdt ferslein troch medaka en ferdwynt nei't hy de moanne stoppe fan 'e ierde te crashen, gewoan om op' e tiid wer te ferskinen foar de tsjinst fan 'e jiereinde. Nei har weromkomst, nim de posysje fan har heit oan foar it bedriuwskonglomeraat fan 'e famylje, de Kurokami Group, om letter werom te kommen as de nije foarsitter en Medaka bepaalt de akademy te ferlitten. Tsien jier letter hie Zenkichi him de Kurokami-groep omheech wurke, in arbeider op heech nivo te wurden foardat hy mei har weriene, mei beide swarre om noait wer split te wurden.