De bruorren fiere de ferbeane alchemyske technyk fan minsklike transmutaasje út yn in besykjen om har werop te wekken as Trisha stjert fan 'e pest. As resultaat falt de transmutaasje werom en yn 'e wet mei gelikense útwikseling wurde it linker skonk en it heule lichem fan Alphonse fan Edward ferneatige. Edward ferliest syn rjochterearm om de siel fan Alphonse te rêden, en bindet it mei in bloedafdieling yn in harnas. Roy Mustang noeget Edward út om in metoade te wurden om it lichem fan Alphonse te restaurearjen om te wurde ûndersocht troch in State Alchemist. Edward triomfeart, waard de namme neffens syn prostetyske postlimmen, de Fullmetal Alchemist.
Trije jier letter sykje de Elrics nei de legindaryske Philosopher's Stone om har doelen te realisearjen. Marcoh stjoert syn oantekeningen om troch har te finen, lykwols leare se de essensjele faktor om de Stone echt minsklike offers te meitsjen. De maat fan Mustang, Maes Hughes, fiert har ûndersyk troch, mar wurdt mei in ferklaaide Envy deasketten foar it finen fan 'e strategyen fan' e Homunculi.
Sjoen mei Izumi, learden de Elrics minsklike transmutaasje troch har op har dea berne bern. De skelm homunculus Greed vangt Alphonse op, mar wurdt bewarre troch Amestris 'presidint King Bradley, oantoand dat se funksjoneart as homunculus Wrath. Gierigens wurdt sa trochsmolten troch en opnij opnommen yn 'e oarsprong Heit fan' e Homunculi. Winry en de Elrics komme werom nei Central City om nei Hughes te gean, mar leare fan syn ferstjerren. Luitenant Maria Ross is omliste foar de moard op Hughes, mar wurdt blykber fermoarde troch Mustang. Dochs leart Edward dat it fuortgean fan Ross waard opfierd, sadat se troch Mustang fan 'e Feriene Steaten nei Xing kin wurde smokkele, holpen troch Xingese prins Ling Yao. Hohenheim wurdt opnij ferienige mei Edward, mar ferachtet him fanwegen syn lange ôfwêzigens by wenjen.
As it ferhaal foarútgiet, wurde de Homunculi hieltyd wer tsjinkaam troch de haadpersoanen. Mustang deadet lust; Mustang en Ling vangt Gluttony, lykwols einigt er Envy yn syn nul, en Edward, Ling-like búk. Gluttony nimt Alphonse mei om Heit te moetsjen, mar Ling feroaret rjochtsôf yn in homunculus, spesifyk de nijste avatar fan Greed, as de oaren ûntkomme út 'e búk fan Gluttony. De Elrics wurde frijlitten om har efterfolging troch te gean, op betingst dat Heit net tsjin har is.
Op it lokalisearjen fan in ûndergrûnske tunnel ûnder Briggs, fynt generaal Olivier Armstrong Heit en de Elrics hat in nasjonale transmutaasjegroep makke en is fan doel syn boargers te jaan, sadat hy yn steat is om op te gean nei godheid. Greed herstelt ferriedt de herinneringen fan Heit en syn eardere sels, gearwurkjend mei na, en Edward, de kimera-minions fan Kimblee Hohenheim. Hohenheim iepenbierret oan syn soannen yndividueel dat hy net stjerlik is, rjochtsom feroare yn in libbene steen fan 'e Wyser fan heit fjouwerhûndert jier werom.
De Beloftedei komt oan en Heit makket him op om syn strategy te begjinnen mei in fertsjustering en dejingen dy't minsklike transmutaasje hawwe besocht as syn offers dy't essensjeel binne. De ferskate protagonisten stride mei de minions fan Father, mei alle Homunculi dy't ferrinne. Nei in twongen Mustang, lykas de Elrics, Izumi, Hohenheim wurde sammele as de oarsaken dat heit de nasjonale transmutaasje aktiveart. Dochs aktivearje Scar en Hohenheim de Amestriërs om te wurde bewarre troch tsjinmaatregelen. Gierigens wurdt ferneatige troch Heit, hoewol heit boppe de grûn wurdt konfrontearre wêr't de haadrolspilers him fjochtsje om syn Philosopher's Stone te ferslyt.
Alphonse, waans wapenrissing troch it lêste konflikt tsjin Heit alhiel ferneatige is, jout syn geast om de rjochterearm werom te krijen, dy't op syn beurt Heit syn stien ferpest, en stjoert him werom nei de eteryske Poarte fan 'e Wierheid fan Edward. Edward ferliest syn macht om alchemy te dwaan om siel en Alphonse's lichem te herstellen. Hohenheim sjocht it grêf wêr't hy stjert mei in gnyske fan Trisha.
